Pastāvīgu zinātnieku atzinību guvis kā vēsturiski salīdzināmās valodniecības speciālists. Pievērsies vietvārdu vākšanai un izpētei, ieguldījis lielu darbu jaunās latviešu ortogrāfijas izstrādāšanā un ieviešanā, kā arī literārās valodas kopšanā.
Jānis Endzelīns ir 15 zinātnisku grāmatu un vairāk nekā 300 zinātnisku un populārzinātnisku publikāciju autors latviešu, vācu un krievu valodā kopš 1897. gada.
1892: Pirmie darbi – dzejas tulkojumi no grieķu un latīņu valodas, piemēram, “Horācija ode” (“Austrums”, Nr. 5), ar pseidonīmu Kaugurietis.
1893: Pirmā recenzija – par Kārļa Mīlenbaha atdzejotās Homēra “Odisejas” 5. un 6. dziedājumu (“Austrums”), ar parakstu J. Cilvēks.
1897: Pirmie zinātniskie raksti – "Par latviešu prepozīcijām" ("Austrums" Nr. 8); "Diftongu un garo vokāļu izruna latviešu valodā" (Rīgas Latviešu biedrības Zinību komisijas Rakstu krājums Nr. 11).
SARAKSTĪTĀS UN SAKĀRTOTĀS GRĀMATAS
1907: "Latviešu gramatika" (kopā ar Kārli Mīlenbahu).
1907: "Latviešu valodas mācība" (līdz 1993. gadam 14 izdevumos.
Kopā ar Kārli Mīlenbahu).
1921: "Izrunas un rakstības vadonis" (kopā ar Pēteri Šmitu).
1922: "Lettische Grammatik" (Latviešu valodas gramatika).
1922; 1925: "Latvijas
vietu vārdi" (2 sējumos, piedaloties A. Ābelei,
J. Kauliņam un P. Šmitam).
1922: "Zinātniskās terminoloģijas vārdnīca" (piedalījies sastādīšanā).
1928: "Dažādas valodas kļūdas".
1936: "Baltu valodu teksti".
1938: "Latviešu valodas skaņas un formas".
1942: "Latviešu valodas pareizrakstības vārdnīca" (piedalījies sastādīšanā).
1943: "Senprūšu valoda".
1945: "Ievads baltu filoloģijā".
1948: "Baltu valodu skaņas un formas".
1951: "Latviešu
valodas gramatika".
1956; 1961: "Latvijas
PSR vietvārdi" (2 sējumos).
1971: "Darbu izlase" (4 sējumos).
TULKOJUMS NO LATĪŅU VALODAS
1938: Gajs Kornēlijs Tacits "Ģermānija".
REDIĢĒTIE IZDEVUMI
1921–1940: "Filologu
biedrības raksti" (1–20).
1923–1932: Kārlis Mīlenbahs "Latviešu valodas vārdnīca" (1–4).
1924; 1936: Eduards Ozoliņš "Latviešu pareizrakstības vārdnīca".
1926; 1934: Eduards Ozoliņš "Svešvārdu vārdnīca".
1928–1932: "Latvju
tautas daiņas" (1–12).
1934–1946: Kārlis Mīlenbahs "Latviešu valodas vārdnīca" (1–2. Kopā ar Edīti
Hauzenbergu sagatavojis papildinājumus un labojumus).
1935: "Valodas prakses jautājumi".
1940: "Valodas un rakstības jautājumi".
PUBLIKĀCIJAS (IZLASE)
1902: "Daži jautājumi par latviešu
valodu, K. Mīlenbaha izskaidroti" (Pēterburgas Avīžu Literārais Pielikums
20.10. Nr. 84).
1912: "J. A. Dubura Latviešu fonētikas
ābece" (Dzimtenes Vēstnesis, 05.05. Nr. 102).
1920: "Par s un z jaunajā rakstībā" (Latvijas Sargs, 29.08. Nr. 195).
1921: "Par Latvijas vietu vārdu
rakstību" (Latvijas Sargs, 01.05. Nr. 97).
1921: "Prof. J. Lautenbach.
Kleine lettische Sprachlehre zum Selbstunterricht" (Izglītības ministrijas mēnešraksts, 01.11. Nr. 11).
1924: "Piezīmes par pagastu vārdiem" (Latvis, 19.03. Nr. 750).
1933: "Latviešu valodnieku turpmākie
uzdevumi" (Burtnieks, 01.11. Nr. 11).
1940: "Par jauna uzvārda izraudzīšanos" (Latvijas Skola, 01.01. Nr. 1).
1942: "Oficiālu pareizrakstības vārdnīcu
klajā laižot" (Izglītības Mēnešraksts, 01.01. Nr. 1).
1951: "Daži atzinumi par mūsu gramatikas terminiem" (Skolotāju Avīze, 13.04. Nr. 15).