Pirmā literārā publikācija
1867. gadā publicēja laikrakstā "Mājas Viesis" pirmos sacerējumus - anekdoti "E kur zāģers!" (27. martā) un dzejoli "Lagzdigallai" (26. jūnijā).
Proza
1873. gadā laikrakstā "Baltijas Vēstnesis" publicēts romāna "Mērnieku laiki" fragments "Mūsu lūdzēji" (Ķenča lūgšana).
1879. gadā tika izdots kopā ar brāli sarakstītais romāns "Mērnieku laiki" – pirmais romāns latviešu literatūrā, viens no 19. gs. latviešu literatūras nozīmīgākajiem sasniegumiem, ar ko iezīmējās pāreja no tautiski romantiskas pagātnes apjūsmošanas uz reālās īstenības atspoguļošanu. Romānā raksturi polarizēti pēc morāli ētiskām kategorijām. Pozitīvā ideāla nesēji reprezentē latviešu darba tikumu, godīgumu, žēlsirdību, dvēseles atvērtību Dieva mācībai un aizsāka latviešu literatūras sirdsšķīsto ļaužu personāžu. Mākslinieciski krāsaināks tomēr negatīvais personāžs (Oļiņiete, Ķencis, Švauksts, Prātnieks, Pietuka Krustiņš u.c.).
Romānu "Mērnieku laiki" godalgoja Latviešu literatūras (draugu) biedrība (1880); romāns dramatizēts un izrādīts teātros (pirmoreiz 1911 Jaunajā Rīgas teātrī), ekranizēts (Rīgas kinostudijā 1968, 1991), atkārtoti iznākuši pilni un saīsināti izdevumi.
Publicēts romāns "Jaunie "Mērnieku laiki"" (1-4, 1924-1927, nepabeigts), tā darbība sākas pirms 1917. g. revolūcijas, kad izplatījās ziņa par muižu zemju piešķiršanu zemniekiem, tēlots 1919. gada lielinieku varas laiks ar arestiem, cietumiem, sodiem; mākslinieciski romāns neizstrādāts.
Dramaturģija
70. gadi – ražīgākais Kaudzītes literārās darbības periods: sarakstījis ludziņas "Rekrūšu atvadīšanās" (izrādīta 1871. gadā Vecpiebalgā), "Miers mājā" (1880), kopā ar brāli "Divi varas" (teātrī 1872), "Ķeza ķezas galā" (teātrī 1873).
Dzeja
1892: lirikas krājums "Dziesmiņas"
1877: lirikas krājums "Dzejoļi"
Abos krājumos atziņu dzeja – pārdomas par dzīves īslaicību, liekulības nosodījums, kristīgās morāles tēmas. Dažos vēlākajos dzejoļos A. Pumpuram un Auseklim radniecīgs patriotisks aicinājums strādāt tautas labā, piemēram, populārajā dzejolī "Tautas mīlestība" ("Baltijas Vēstnesis", 1879, 10./22.X).
Kultūrvēsturiski apcerējumi
80. gados laikrakstos "Baltijas Vēstnesis" un "Balss" publicēti brāļu Kaudzīšu ceļojumu apraksti pa Igauniju, Krieviju, Somiju, Vāciju, Austriju, Šveici, Holandi, Beļģiju, Franciju, Itāliju.
1924: grāmata "Atmiņas no "tautiskā laikmeta" un viņa lielākiem aizgājušiem darbiniekiem" (1-2)
1926: grāmata "Vecpiebalga"
Darbība literatūrkritikā
Nozīmīgi raksti:
"Dzejas nodaļa mūsu laika rakstos 1873. g." (turpat, 1874, 24.IV-15.V, vērsts pret tālaika latviešu dzejas seklumu, mākslinieciskas izveides trūkumiem, lokalizēto un tulkoto dzejoļu iespiešanu bez autora uzrādes),
"Heinrihs Heine" (turpat, 1878, 30.VIII/11.IX - 20.IX/2.X, latviešu valodā pirmā plašākā apcere par Heinrihu Heini).
Grāmatā "Brāļu draudze Vidzemē" (1877) aplūkota hernhūtisma izcelšanās un izplatība Rietumeiropā, reģistrētas brāļu draudzes saiešanas vietas Vidzemē (no 18. gadsimta).
80. gados nozīmīgas vairākas Kaudzītes recenzijas, piemēram, rakstā par J. Lautenbaha-Jūsmiņa dzejojumu "Zalkša līgava" ("Balss", 1880, 17./29.XII) kritizēta formāla, nemākulīga tautasdziesmu atdarināšana, aizstāvēti reālistiskas mākslas pamati. Sākās polemika, un Kaudzīte publicēja brošūras "Pārstrauta Jānis un viņa "domas par tautiskās dzejas nodibināšanu"" (1882) un "Vēlreiz Pārstrauta Jānis ar savām "domām" un Montanus ar tādām pašām domām" (1883).
90. gados Kaudzīte Rīgas Latviešu biedrības Zinību komisijas vasaras sapulcēs lasīja pārskatus par literatūru un avīžniecību.
Cittautu autoru darbu tulkojumi
1874: M. Ļermontovs "Dēmons", "Kadži Abreks"
1877: A. Puškins "Gūstītais Kaukāzā"
1893: F. Šillers "Zvana dziesma"
1906: G. Merķelis "Vidzemes senatne"
Sastādītie krājumi
Populāra bija Kaudzītes sastādītā latviešu lirikas antoloģija "Smaidi un asaras jeb dzejnieku labdienas" (1880, 1904 ), kopā ar brāli un A. Stērsti sastādītā lasāmā grāmata "Sēta un skola" (1-3, 1882-84) u.c. mācību grāmatas.
Kopoti raksti
1893–1904: "Vija no kopotiem Kaudzītes Reiņa un Kaudzītes Matīsa rakstu darbiem" 23 burtnīcās (14. un 17. burtnīca nav iznākusi)
1939–1941: "Brāļu Kaudzīšu raksti" 6 sēj. (lit. 6. sēj.)
1976: M. Kaudzītes dzejoļu izlase "Brūklenājs"