Publikācijas periodikā
Autobiogrāfija
1863: Īsa pašbiogrāfija. Ceļa Biedris, nr. 26.
Dzeja
1862: Jurģu ļaudis. Latviešu Avīzes, nr. 17.
1863: Liec vērā jel un uzmani. Ceļa Biedris, nr. 1.
1863: Bij citkārt mūsu tauta gan dziesmās bagāta. Klusa sirds dziesma. Ceļa Biedris, nr. 2
1863: Ak prieks, ak prieks, kad vecāki. Ceļa Biedris, nr. 3
1863: Ko labu tu pie bērniem pastrādā. Ceļa Biedris, nr. 4
1863: Bērni, ko tēvs audzinājs. Ceļa Biedris, nr. 5
1863: Ak, mīļo! Salda dusa. Ceļa Biedris, nr. 7
1863: Dažs tēviņš liels un smags. Kā smaga nasta ienaids sirdi spiež. Kur mīlestība sirdi liesmina. Ceļa Biedris, nr. 8.
1863: Gans, ņem savu jēriņu. Ko raudi te? Ceļa Biedris, nr. 9
1863: Ādams, pirmais grēcinieks. Klau, pērkons cik vareni strādā! Ceļa Biedris, nr. 11.
1863: Kad Dievs tev grūtu krustu devis. Redz, niknas jūras viļņu klonī. Zēns un oliņa. Ceļa Biedris, nr. 12.
1863: Mana paļaušan un stipra pils. Tur savu tēv` un māt`. Ceļa Biedris, nr. 13
1863: Kur Dievs nedod mīlību. Ticības ceļš. Ceļa Biedris, nr. 14.
1863: Tēv` un māti vecumā. Ceļa Biedris, nr. 15.
1863: Dažs labs tik prātu palaidis uz brītiņu. Kam Dievs sirds zemītē bij savu dzīvu sēklu sējis. Kur atroda, ko meklējši. Lai Dieva lauciņi gan slīkst un salst. Sirds ticīgs, skaidris, drošs. Ceļa Biedris, nr. 16.
1863: Dzelzi, kas nav ilgi trīta. Redz, meitiņa, sirds ticīga. Ceļa Biedris, nr. 17.
1863: Kā dārgie akmiņi, daudz kārtu kārtām trīti. Ko tikai cilvēks strādā. Voi tavs mūžs kam lieti der. Ceļa Biedris, nr. 18.
1863: Dievs sacīja, tas neva labi, ka cilvēks viens ir pasaulē. Ceļa Biedris, nr. 21
1863: Tas bērniņš guļ, tēvs, māte, neraudat! Tā sieviņa, kas glabā bērnus, saimi. Ceļa Biedris, nr. 22.
1863: Bērns, savu ceļu vērā liec. Ja Dievs tev namu netaisa. Kad pļaujams laiks, tad jāsteidzas. Kas atzīst nelaimi par taisnu sodu. Kas, laimi ķerot, bedrē skrien. Ceļa Biedris, nr. 23.
1863: Dažs atpūšas gan mierā saldā. Dažs labprāt šķir un sver. Kas otram vēl un dara labu. Niedra šaubās šur un tur. Redz, še nāk tas sapņotājs. Tā īsta gudrība ir dārga rota. Tam vecumā gan klājas grūti. Ceļa Biedris, nr. 24.
1863: Dievs tev siev` un bērnus dod. Ceļa Biedris, nr. 25.
1865: Drusciņas [domu graudi pantos] Ceļa Biedris, nr. 1-3, 6, 9-12, 13, 26; 1866, nr.1
1865: Ganīt, mācīt, valdīt, rāt – Augsta svēta lieta. Ceļa Biedris, nr. 15.
Proza
1863: Voi pamātei nav grūti? Ceļa Biedris, nr. 1
1863: Tu Dievu mīļo? Ceļa Biedris, nr. 2
1863: Gulbis un vārnas, līdzība. Ceļa Biedris, nr. 3.
1863: Uz deramo dienu. Ceļa Biedris, nr. 4
1863: Voi devītais bauslis vēl spēkā? Ceļa Biedris, Nr. 5, 7, 9.
1863: Drusciņas [domu graudi]. Ceļa Biedris, nr. 8, 10-13.
1863: To Dievs ir darījis. Ceļa Biedris, nr. 15.
1863: Kam taisnība? Ceļa Biedris, nr. 21-23, 25, 26.
1865: Par Oliņiem. Ceļa Biedris, nr. 1-5
1865: Drusciņas [domu graudi]. Ceļa Biedris, nr. 1-5, 7, 9, 10, 12, 26; 1866, nr. 1, 2, 6.
1866: Bāris. Ceļa Biedris, nr. 1, 5-7, 9-12, 14-16, 19.
1866: Uguns posts. Ceļa Biedris, nr. 14.
1867: Vecie un jaunie [nepabeigts]. Ceļa Biedris, Nr. 1, 4.
1867: Aka, ko sauc Dieva palīdzība. Ceļa Biedris, nr. 24.
Publicistika. Avīžniecība
1861: Kā ar vectēvu izrunājāmies [par laikrakstu nozīmi]. Mājas Viesis, nr. 18
1862: “Ceļa Biedris” Latviešu Avīžu pielikums, nr. 50.
1863: Priekšvārdi. Ceļa Biedris, nr. 1
1863: Bildītes izstāstīšana. Ceļa Biedris, nr. 2
1865: Priekšvārdi. Ceļa Biedris, nr. 1-2
1865: C.B.Atbilde. [uz Špīsa (?) vēstuli par postītājiem un noziedzniekiem] Ceļa Biedris, nr.2
1865: Atbilde [uz T.A.vēstuli]. Ceļa Biedris, nr.1
1866: Priekšvārdi. Ceļa Biedris, nr. 11867: Ziņa [par “Ceļa Biedra” apstāšanos]. Ceļa Biedris, nr. 25, 26.
Suminājumi un nekrologi
1863: Re, kur ļaužu draugs! [par Eberhardu fon Rohovu] Ceļa Biedris, nr. 12.
1866: Amata svētki [mācītāja Eduarda Kīglera (Kügler) 25 gade] Ceļa Biedris, nr. 4
1866: Lai duss pēc savām darbošanām Dieva mierā! [R. Šulca nekrologs] Ceļa Biedris, nr. 7.
1866: Atbalss [Aleksandra II sudrabkāzas] Ceļa Biedris, nr. 10.
1866: Piemiņa [nekrologs J.T.Bērentam] Ceļa Biedris, nr. 16.
1867: Ulmaņ` bīskapa 50 gadu amata svētki. Ceļa Biedris, nr. 2, 3.
1867: Amata svētki [Rubenes mācītāja L. Marnitca 25gade] Ceļa Biedris, nr. 6
1867: Atbilda [dzimtbūšanas atcelšanas piemiņas svinības] Ceļa Biedris, nr. 16.
Pedagoģija
1863: Cilvēku daba, bērnu audzinātājiem it īpaši vērā liekama. Ceļa Biedris, nr. 3, 4.
1863: Bērni, nu skolā, skolā! Ceļa Biedris, nr. 22
1866: Bērni, nu rokā grāmatas! Ceļa Biedris, nr. 3, 4.
1866: Bērnus audzinājot un mācot. Ceļa Biedris, nr. 10.
1866: Atbilda Fr. Kl`am [par skolas atstāšanu novārtā]. Ceļa Biedris, nr. 25
1867: Atbilda Th. R-g`am [par skolas nama būvi] Ceļa Biedris, nr. 10.
Mūzika
1865: Dziesmu svētki trešā Vasarsvētku dienā 1864 Dikļos un 1865 Matīšos svētīti. Ceļa Biedris, nr. 19-21.
1866: Par dziesmu svētkiem, ko trešā Vasarsvētku dienā Rūjenē svētīja. Ceļa Biedris, nr. 14; arī Mājas Viesis, nr. 28, 29.
Valodniecība
1863: Nespraudīsim skujas lapās! Nokratīsim gružus! Ceļa Biedris, nr. 2.
1865: Par valodu [kā patiesības un melu līdzekli]. Ceļa Biedris, nr. 3
Recenzijas
1863: “Dziesmu kronis” 100 dziesmiņas uz vienu un vairāk balsīm dziedamas no J. Caunit. Ceļa Biedris, nr. 2.
1863: “Tas ceļš uz Jeruzalemi” no K. Dzirne. Ceļa Biedris, nr. 18.
1865: “Mārtiņa Lutera katķisis ar izskaidrošanām, ar dziesmu un Bībeles peršiņiem un ar diviem pielikumiem apgādāts no L. Hērvāgen” Ceļa Biedris, nr. 19.
1865: “Jautāšanas grāmatiņa jeb pamācītājs apkārtstaigājējiem skolmeistariem un mātēm kā Mārtiņa Lutera mazā katķisma vārdus jautājot bērniem būs izskaidrot” Sarakstījis Valkas mācītājs Otto. Ceļa Biedris, nr. 19
Reliģija, morāle, ētika
1862: Asins radiem nebūs saprecēties! Latviešu Avīžu piel. Baznīcas un skolas ziņas, nr. 17
1863: Mārtiņa Lutera mācības. Ceļa Biedris, nr. 1, 2, 4, 5, 8, 9, 11-26.
1863: Praviets Jonas. Ceļa Biedris, nr. 4-8.
1863: “Raug, uz šo zīmi nāves, bērns, un dzīvo mūžīgi!” Ceļa Biedris, nr. 6
1863: Anc Ģedis, Grenlandiešu apustuls. Ceļa Biedris, nr. 6, 8.
1863: Sējuma upuris Indijas zemē. Ceļa Biedris, nr. 12.
1863: Apustuls Pāvils. Ceļa Biedris, nr. 13-22.
1863: Par Bībeles svētkiem, ko Dikļu draudze šogad 18. augusta mēneša dienā svētīja. Ceļa Biedris, nr. 19.
1865: Lutera stāsti. Ceļa Biedris, nr. 1-26.
1865: Atbilde [par dievbijību]. Ceļa Biedris, nr. 6
1865: Uz gada beigām. Ceļa Biedris, nr. 20.
1865: Ticības atjaunošanas svētkos. Ceļa Biedris, nr. 22
1865: Uz gada beigām. Ceļa Biedris, nr. 26
1865: Līdz šejien tas Kungs mums ir palīdzējs. Ceļa Biedris, nr. 26.
1866: Lutera stāsti. Ceļa Biedris, nr. 1, 2, 4, 20-26.
1866: Atbilda [par nevēlamām parādībām dievkalpojuma laikā] Ceļa Biedris, nr. 1-6, 22-24, 26.
1866: Turaties pa godam. Ceļa Biedris, nr. 3
1866: Misione. Ceļa Biedris, nr. 6
1866: Iztīrījiet to vecu raugu! Ceļa Biedris, nr. 7
1866: Palīdziet vilkt! Ceļa Biedris, nr. 16
1866: Par Hermansburgas misioni, Ceļa Biedris, nr. 17.
1867: Par kristīgu draudzi. Ceļa Biedris, nr. 1, 2, 5,
1867: No grēku atzīšanas pie grēku sūdzēšanas. Ceļa Biedris, nr. 20
1867: Tam, kas apžēlošanu nav parādījis, uzies sodība bez apžēlošanas. Ceļa Biedris, nr. 23.
1867: Atbildas K.V-n., P. C-r u.c. uz vaicāšanu “Vai ziņģēt, dancot un kārtes spēlēt grēks?” Ceļa Biedris, nr. 26
Populārzinātne
1863: Jēkab` Vats [Džeims Vats] Ceļa Biedris, nr. 4
1863: Grenlande. Zeme un ļaudis. Ceļa Biedris, nr. 6
1863: Pēter Aniķs. Ceļa Biedris, nr. 21.
1866: Pret kustoņu vārdzināšanu. Ceļa Biedris, nr. 17, 18.
Sadzīve
1863: Par silto zemi, un kā tur citiem tagad klājas. Ceļa Biedris, nr. 3.
1863: Ar Dievu, mūsu jaunie karavīri! Ceļa Biedris, nr. 22
1865: Dažādas apvaicāšanās [dzimstība Dikļu draudzē] Ceļa Biedris, nr. 1
1865: Atbildes [par izceļošanu]. Ceļa Biedris, nr. 3
1865: Priekšvārdi [par māju iepirkšanu un baumām]. Ceļa Biedris, nr. 4
1865: Atbilda [par palīdzības kasi skolotāju atraitnēm un bāreņiem] Ceļa Biedris, nr. 4, 7
1865: Palieci tēvišķā! Ceļa Biedris, nr. 17.
1865: Atbilde [vēstule par kalpu un saimnieku pretišķībām] Ceļa Biedris, nr. 20.
1865: Atbilda [par veselības taupīšanu] Ceļa Biedris, nr. 23.
1866: Ļaužu skaitīšana. Ceļa Biedris, nr. 15, 20.
1866: Atbilda A. T-n`am. [par pagastu apvienošanos]. Ceļa Biedris, nr. 23.
1867: Mīļais Fr.C.! [par pagasttiesas vīru nolaidību] Ceļa Biedris, nr. 1
1867: Atbilda [par dzeršanu, vazāšanos un zādzībām]. Ceļa Biedris, nr. 9
Darbi atsevišķos izdevumos [izlase]1850: Vācu valodas mācība priekš latviešiem. Pirmā daļa. Pie šīs grāmatiņas pieder: 1) 8 bilžu tāpeles priekš lētākas vācu vārdu iemācīšanās un 2) Kurze Anleitung zum Gebrauche der "Vācu valodas mācība" priekš skolmeistariem [11. izdevums 1896. gadā!] 2. daļa publicēta turpat (1859). Rīga: Hekers.
1865: Apustuļa Pāvila grāmata romniekiem rakstīta [tulkojums; atsevišķā izdevumā pēc Magazin Bd.XIII, Th.2] Jelgava: Stefenhāgens.
1889: Ak, mīļo! [ziņģe, Freiligrāta dzejoļa brīvs tulkojums Freiligrāta]. Rīga: M. Jakobsons.
1922: Pamōte. Rīga: Izglītības Ministrijas izdevniecība.
1924: Kam taisnība. Par Oliņiem. Cēsis un Rīga: O. Jēpe [sērija "Jaunības literatūra" XVIII]
1924: Stāsti. Cēsis un Rīga: O. Jēpe. [Vai pamātei nav grūti? Vai devītais bauslis vēl spēkā?; "Jaunības literatūra" XVII]
1926: Virs zemes esmu ceļinieks. Mācītāja Jura Neikena trešās svētdienas pēc Lieldienas sprediķis. 100 gadu dzimšanas dienas piemiņai Umurgā. Limbaži: Paucītis.
Stāsts "Bāris" atsevišķos izdevumos un pārstrādēs1900: Bāris [sērijā "Mazi stāstiņi maniem mazajiem draugiem" kopā ar citiem citu autoru darbiem] V sēj. Valmiera: H.E. Freijs
1905: Pēcis. Skatu luga piecos cēlienos. Skatuvei pārstrādāta pēc J. Neikena "Bāris". Ziemas svētkos. Saruna, uzvedama pie Ziemassvētku eglītes. Valmiera: P. Skrastiņa apgāds. Atkārtoti izdevumi Rīgā 1914; Valmierā un Cēsīs [b.g.].
1920: Bāris. Pamāte. Rīga: Latvijas Skolotāju savienība, Šnakenburgs [sērija "Skolas literatūra" nr.8]
1921: Borinis. Rēzekne: Latgolas Litu Departaments, Grōmota.
1923: Bāris. Valmiera, Cēsis: K. Dūnis [J. Neikens. Kopoti raksti. 1. sēj.].
1923: Bāris. Pamāte. Krišjāņa Valdemāra Prātīgi runāts. [sērija "Skolas literatūra"]. Rīga: Latvijas Skolotāju savienība.
1924: Bāris. Tu Dievu mīļo? Cēsis un Rīga: O. Jēpe [sērija "Jaunības literatūra". XIX]
1925: Bāris. Pamāte. Rīga: Latvijas Skolotāju savienība.
1926: Bāris. Pamāte. Rīga: J. Roze.
1929: Bāris. Pamāte. Rīga: Latvijas skolotāju kooperatīvs.
1933: Bāris: Jura Neikena stāsta dramatizējums astoņās ainās skolēnu teātriem. Pārstrādājis K. Brants. Rīga: A. Gulbis.
1934: Pielikums Fr. Jansona lasāmās grāmatas "Soli pa solim" 4. daļai. [Bāris. J. Poruks. Kukažiņa; A. Pumpura Lāčplēša varoņdarbi]. Rīga: Latvijas skolotāju kooperatīvs
1936: Bāris. Ar mākslinieka R. Kasparsona oriģinālzīmējumiem. Rīga: Ev.-lut.baznīcas virsvalde.
1940: Bāris. Rīga: VAPP Pedagoģisko rakstu apgādniecība.
1965: Bāris. Bagāti radi [Apsīšu Jēkabs]. Vašingtona: Amerikas latviešu apvienības kultūras birojs.
1976: Bāris [stāsts: jaunākā un vidējā skolas vecuma bērniem]. J. Kalniņa pēcvārds. Rīga: Liesma
Kopoti raksti un darbu izlases.1870: Stāsti, dziesmas un gudrības mācības. Iz Ceļa Biedra izlasījis, sastādījis un izdevis R. Auning, Umurgas mācītājs. Ar Neikena bildi un dzīves aprakstu. Rīga: R. Auniņa izdevums [H. Brucers un biedrs].
1897-1898: Izlasīti raksti. Teodora [Zeiferta] izlasīti un sakārtoti. Divās daļās. Rīga: RLB ZK Derīgu grāmatu nodaļa.
1923-1924: Kopoti raksti 6 burtnīcās [galvenokārt proza, 5. burtnīcā Arņa ieskats Neikena dzīvē un darbos]. Valmiera un Cēsis: K. Dūņa apgāds.
1924: Izlasīti raksti ar biogrāfiju no Arņa. Valmiera un Cēsis: K. Dūnis.
1924: Raksti. A. Gobas sakārtojums un biogrāfisks ievads [dzejas, prozas un publicistikas izlase]. Cēsis, Rīga: O. Jēpe.
1924: Dzejoļi. A. Gobas sakārtojums. Cēsis, Rīga: O.Jēpe [sērija "Jaunības literatūra". XX]
1924: Jura Neikena pedagoģiski un sabiedriski raksti. Cēsis, Rīga: O. Jēpe.