Neilgu laiku mācījies Tirzas pagastskolā (1873–1874), ilgstošas slimības dēļ turpmāko izglītību ieguvis pašmācības ceļā. No 1876. gada ārstējies ārsta A. Šummera slimnīcā Velēnā, kur no 1877. gada strādājis aptiekā, no 1879. līdz 1882. gadam bijis šīs aptiekas vadītājs.
Misiņa bibliotēkas tapšana
70. gadu beigās Misiņš sāka vākt folkloras materiālus (nosūtījis F. Brīvzemniekam uz Maskavu apmēram 1075 dziesmas), grāmatas un periodiskos izdevumus.
1880. gadā, K. Valdemāra raksta "Grāmatu krātuves kā tautas gara modinātājas" rosināts, Tirzas pagastskolā atvēra savu bibliotēku vietējiem lasītājiem.
1885.19.IX saņēma Vidzemes gubernatora atļauju atvērt publisku bibliotēku Krācēs (bibliotēkā jau bija ap 500 sējumu, tā kļuva par pamatu pirmajai latviešu zinātniskajai bibliotēkai). Lai iegūtu līdzekļus, Misiņš sāka iesiet grāmatas.
1892. gadā Misiņš ar bibliotēku un sietuvi pārcēlās uz Lejasciemu, kur atvēra grāmatu veikalu.
1906. gada pavasarī pārcēlās uz Rīgu, kur bibliotēku (ap 5000 sējumiem) sāka izmantot latviešu inteliģence. Līdz 1915. gadam bija grāmatu izdevējs, iesējējs un tirgotājs. No 1911. līdz 1914. gadam arī Rīgas Latviešu biedrības Zinību komisijas bibliotēkas bibliotekārs.
1912. gadā Misiņš ierosināja Zinību komisijas bibliotēku veidot par nacionālo bibliotēku, taču neguva atbalstu biedrības aprindās.
1919. gadā padomju valdība iecēla Misiņu par Latvijas arhīva pārzini, piešķīra viņa bibliotēkai telpas Skolas ielā 25. No 1919. līdz 1920. gadam Misiņš bija Latvijas Centrālās bibliotēkas (tagadējās Nacionālās bibliotēkas) vadītājs, no 1920. līdz 1938. gadam Rīgas pilsētas bibliotēkas (tagadējās Akadēmiskās bibliotēkas) latviešu nodaļas vadītājs un direktora vietnieks.
1925.7.XII savu bibliotēku, kas šajā laikā bija plašākais latviešu grāmatu krājums (ap 28 000 sējumu), Misiņš nodeva Rīgas pilsētai.
1928.2.III Misiņa bibliotēka tika atvērta publiskai lietošanai telpās Torņa ielā 3/5.
Publicistika, komentāri un sastādītie izdevumi
1888. gadā ar pseidonīmu Aizkrācnieks žurnālā "Austrums" (6. nr.) iespiests pirmais Misiņa raksts "Kāds vārdiņš par tautas dziesmām".
Misiņš sastādīja un publicēja presē jauno grāmatu sarakstus, izdeva vecus latviešu tekstus, pirmo reizi latviešu valodā Čārlža Dikensa romānu "Olivers Tvists" (1910), Emīla Zolā "Sapnis" (1914) u. c. darbus. Misiņš sāka veidot un sagatavoja latviešu grāmatu bibliogrāfiskā rādītāja 1. sējumu, ko Pirmā pasaules kara laikā nepaguva publicēt.
Lielākais Misiņa darbs – "Latviešu rakstniecības rādītājs" (sākts veidot 19. gadsimta 90. gadu sākumā), kura 1. daļā (1924) reģistrētas latviešu valodā no 1585. līdz 1910. gadam izdotās vispārēja rakstura un zinātniskās grāmatas, 2. daļā (1937) – daiļliteratūra un mākslas grāmatas (1585–1925).
Publicējis ap 80 rakstu par grāmatniecības un literatūras vēstures jautājumiem, sastādījis Jaņa Jansona-Brauna, Raiņa (abi 1921), Ausekļa (periodikā 1922–1923), K. Valdemāra (periodikā 1926) u. c. darbu bibliogrāfiju un latviešu laikrakstu un žurnālu rādītāju (grāmata "Latvju preses 100 gadi", 1922). Sarakstījis komentārus J. Mātera, J. Poruka, A. Pumpura, F. Mālberģa Kopotiem rakstiem, literatūrvēsturisku un bibliogrāfisku pētījumu "Jēkabs Zvaigznīte-Šterns" (1940).
Izdota "Izlase" (1962).
Jāņa Misiņa izdotie un apgādātie darbi
1884: J. Blaks "Jaunības sapņu skaņas, jeb dažādas dziesmiņas" (apgādājis J. Misiņš Cesvainē, Kraukļu muižā)
1884: J. Treiters "Dziesma par Valmieru" (apgādājis J. Misiņš Cesvainē, Kraukļu muižā)
1887: Andrievs Niedra, dzejas krājums "Pirmās ziedoņa vēsmas" (apgādājis J. Misiņš Cesvainē, Kraukļu muižā)
1892: Jēkabs Paulītis "Руководствокъ изученію русскаго языка: въ латышскихъ народныхъ училищахъ и при самообученіи – Vadons krievu valodas mācībā: latviešu tautas skolām un pašmācībai" (apgādājis J. Ozols Vecpiebalgā, J. Misiņš Lejasciemā)
1892: K. Tarsiers "Īsa šahspēles mācība" (apgādājis J. Misiņš Lejasciemā)
1894: J. O. Hansen "Nakts ārprātīgo namā: kāda gaisa kuģotāja piedzīvojumi" (apgādājis J. Misiņš Lejasciemā)
1896: Hugo Rosenthal-Bonin "Salamankas students un zīlniece" (apgādājis J. Misiņš Lejasciemā)
1896: Pauls Gerhards Heims "Kapa akmins" (apgādājis J. Misiņš Lejasciemā)
1896: Sofija fon der Horsta "Mīlestība un kārdināšana" (apgādājis J. Misiņš Lejasciemā)
1897: Apsīšu Jēkabs "Raksti" (apgādājis J. Misiņš Lejasciemā)
1908: Tirzmaliete "Eņģelis" (apgādājis J. Misiņš; sērija "Jaunības rakstu virkne" Nr. 1)
1908: "Tēva roka un svētku stāstiņi" (apgādājis J. Misiņš; sērija "Jaunības rakstu virkne" Nr. 2)
1908: Andrejs Vičs, luga "Karaļmeitas bērni" (izdevējs J. Misiņš; sērija "Bērnu valstī" Nr. 1)
1908: G. Riēms, pēc K. Kundziņa priekšlasījuma "Kristīga ticība un dabas ziņas" (izdevējs J. Misiņš)
1909: Indriķis Laube "Bandomiri: stāsts par Kurzemes pagātni" (apgādājis J. Misiņš)
1909: A. J. G. Andrea, Otto Dr. Hoffmann "Grieķu un romiešu teikas" (apgādājis J. Misiņš)
1909: Moriss Māterlinks, skatu luga "Monna Vanna" (apgādājis J. Misiņš)
1909: Ad. Harnacks "Kristīgā ticība un vēsture" (apgādājis J. Misiņš)
1909: Jānis Bahs "Маленькій певецъ: Русскія и латышскія песни для школъ – Mazais dziedātājs: krievu un latviešu dziesmas skolām un mājām" (2. papl. izd., ģenerālkomisijā pie J. Misiņa)
1910: Anon. "Gana klēpī" (apgādājis J. Misiņš; sērija "Jaunības rakstu virkne" Nr. 3)
1910: Tirzmaliete "Pa šauru teku" (apgādājis J. Misiņš)
1910: Tirzmaliete "Ziema" (apgādājis J. Misiņš; sērija "Jaunības rakstu virkne" Nr. 4)
1910: Tirzmaliete "Kas tur aiz zvaigznēm" (apgādājis J. Misiņš; sērija "Jaunības rakstu virkne" Nr. 5)
1910: Čārlzs Dikenss "Olivers Tvists" (apgādājis J. Misiņš)
1910: Ļevs Tolstojs "Kazaki" (apgādājis J. Misiņš)
1910: J. Ziemels "Sieviete grūtniecības stāvoklī" (apgādājis J. Misiņš)
1911: Maurus Jokaijs "Zilacīte: romāns iz Ungārijas revolūcijas laikiem" (apgādājis J. Misiņš, ar J. Misiņa priekšvārdu)
1914: Emīls Zolā, romāns "Sapnis" (apgādājis J. Misiņš)
b. g.: "Zvaniņi: stāstiņi, dzejolīši, pasaciņas u. t. t. bērniem" (izdevējs J. Misiņš Rīgā; 4 daļās)
b. g.: Frīdrihs Špīlhāgens "Mīklaini cilvēki" (izdevējs J. Misiņš Rīgā)
Iekārtojot savu veikalu, pārņēmis likvidētā Kalniņa un Deičmaņa uzņēmuma grāmatas.
Piemiņas saglabāšana
1977. gadā pie mājas Tirzas pagasta "Krācēs" tika atklāts piemiņas akmens, savukārt no 1988. līdz 1993. gadam darbojās Misiņa memoriālā māja, kas vēlāk tika slēgta finansiālu problēmu un štata samazināšanas dēļ.