LITERĀRĀ DARBĪBA
Pirmā literārā publikācija
1871: dzejolis "Lūk, tā, tā!" laikrakstā "Baltijas Vēstnesis" (01.04.)
Proza
1873: laikrakstā "Baltijas Vēstnesis" publicēts romāna "Mērnieku laiki" fragments "Mūsu lūdzēji" (Ķenča lūgšana), romāna līdzautors
1879: izdots kopā ar brāli sarakstītais romāns "Mērnieku laiki"
1882–1886: sarakstītas nepabeigtā prātnieciski satīriskā sadzīves romāna "Izjurieši" ("Malienas dabas stāsti") 7 nodaļas (1928)
Romāns "Mērnieku laiki" – pirmais romāns latviešu literatūrā, viens no 19. gadsimta latviešu literatūras nozīmīgākajiem sasniegumiem, ar ko iezīmējās pāreja no tautiski romantiskas pagātnes apjūsmošanas uz reālās īstenības atspoguļošanu. Romānā raksturi polarizēti pēc morāli ētiskām kategorijām. Pozitīvā ideāla nesēji reprezentē latviešu darba tikumu, godīgumu, žēlsirdību, dvēseles atvērtību Dieva mācībai un aizsāka latviešu literatūras sirdsšķīsto ļaužu personāžu. Mākslinieciski krāsaināks tomēr negatīvais personāžs (Oļiņiete, Ķencis, Švauksts, Prātnieks, Pietuka Krustiņš u.c.). Romānu godalgoja Latviešu literatūras (draugu) biedrība (1880).
Īsprozā Kaudzīte bijis pirmais latviešu aforisma žanra izkopējs, sarakstījis ap 900 aforismu ar prātnieciski ētisku saturu (cildinājis darba tikumu, zināšanas, uzticību tautai, nosoda liekulību u. tml.), dažkārt aforismos atspoguļojas Žana Žaka Ruso ietekme. Publicējis arī dažus stāstus/
Kultūrvēsturiski apcerējumi
Vairākos rakstos aizstāvējis latviešu zemnieku un latviešu valodas tiesības, prasījis latviešu skolās mācīt dzimtajā valodā, aplūkojis pedagoģijas, saimnieciskus, lokālus sadzīves jautājumus.
Rakstos "Par latviešu dāvanām pie vācu kolonistiem" ("Balss", 1881, 14./26.I), "Misiones draugiem Baltijā" (turpat, 25.II/9.III), "Lietas labā" (turpat, 29.IV/11.V) Kaudzīte vērsiess pret vācu mācītāju tieksmēm uzkundzēties latviešu tautai par tās "dabiskajiem vadoņiem", polemizēja ar mācītāju T. Dēbneru.
Paretam rakstīja par dažādiem jautājumiem laikrakstā "Rīgas Avīze", "Dzimtenes Vēstnesis" u. c. Nozīmīgi ir raksti par Juri Alunānu ("Balss", 1901, 7./20.III-25.IV/8.V) un laikrakstu "Pēterburgas Avīzes" ("Austrums", 1902, 7).
Kopā ar brāli sarakstījis ceļojuma aprakstus.
Kopoti raksti
Brāļu Kaudzīšu kopotu rakstu "Vija no kopotiem Kaudzītes Reiņa un Kaudzītes Matīsa rakstu darbiem" 4. burtnīca (1898), kur publicēta daļa Reiņa Kaudzītes aforismu, bija pirmais oriģinālaforismu krājums latviešu literatūrā.
Pēc nāves izdota izlase "Domu izteikumi" (1973).
DARBĪBA PEDAGOĢIJĀ
Mācību grāmatas
1880, 1894: "Bībeles stāsti tautas skolām"
1880, 1908: "Garīgs skolas draugs"
1882. 1906: "Ģeogrāfija tautas skolām"